2011年，公司完成股份制改造，整体变更为北京中科科仪股份有限公司，完善公司治理结构、聚焦主营业务，进入高科技企业的历史发展阶段。

2000年，在国家“推动应用型科研机构企业化转制”背景下，成为中科院第一家事业单位整体转改制企业，更名为“北京中科科仪技术发展有限责任公司”，进入现代化企业改造期。逐步发展成为集科学仪器研发、制造、销售和服务为一体的高新技术企业。

1991年，正式更名为中国科学院北京科学仪器研制中心，成为自收自支的事业单位。期间，加速市场化进程，产品进入科研、航天、军工、核工业领域。

1958年，中国科学院科学仪器厂成立。建厂初期业务定位为全院机械加工制造中心，为我国“两弹一星”加工制造做出重要贡献。1970年，科仪厂重建，主营业务由机电加工向科学仪器研制转变。1985年，全面实施经营体制改革，中科院不再核拨行政事业费，探索企业化发展道路。